Cúp Quốc gia 2021 có sự tham dự của 27 CLB trong đó có 14 đại diện tới từ giải V.League 1 và 13 đội bóng đến từ giải hạng Nhất. Theo thể thức bốc thăm của VPF, không có cặp đấu nội bộ V-League 1 nào ở vòng 1 Cúp Quốc gia.
Do số đội bóng tham dự lẻ nên có đến 5 đội bóng sẽ không phải thi đấu vòng 1, bao gồm Viettel, Hà Nội, TP.HCM, Than Quảng Ninh và Nam Định. 9 đại diện V-League khác được đánh giá cao hơn các đối thủ hạng dưới. Tuy nhiên, Cúp quốc gia thi đấu theo thể thức loại trực tiếp nên luôn tiềm ẩn nhiều bất ngờ. Trong 4 nhánh đấu thì nhánh đấu có sự tham gia của Viettel, Hải Phòng, Hoàng Anh Gia Lai và SHB Đà Nẵng hứa hẹn hấp dẫn nhất.
Mùa trước, Hà Nội đã đánh bại Viettel trong trận chung kết Cúp Quốc gia 2020. Theo kết quả bốc thăm mùa này, 2 đội chỉ có thể gặp nhau ở bán kết nếu cùng vượt qua được tứ kết. Dự kiến giải đấu sẽ bắt đầu từ 9/4 và kết thúc vào 30/9 nhưng có thể thay đổi tùy theo diễn biến của dịch Covid-19.
