Trong trận giao hữu với U23 Hàn Quốc chuẩn bị cho SEA Games 28 năm 2015, sau một pha nỗ lực lấy bóng tiền vệ Ngô Hoàng Thịnh đã không may gặp phải chấn thương. Ngay lập tức anh được đưa tới bệnh viện . Hoàng Thịnh gãy xương sườn phải nghỉ 2 tháng và lỡ SEA Games 28 khi đang là tiền vệ số 1 trong đội hình của HLV Toshiya Miura.
Việc bỏ lỡ kỳ SEA Games cuối cùng trong sự nghiệp là điều đáng tiếc đối với Hoàng Thịnh, người cách đó 2 năm cũng đã không thể cùng U23 Việt Nam dự SEA Games 27 ở Myanmar vì lý do tương tự.
Ngày đó, Hoàng Thịnh chia sẻ trên trang cá nhân: “Xin lỗi tất cả mọi người. Xin lỗi gia đình vì đã không đáp lại được sự kì vọng mà ba mẹ và mọi người mong đợi. Xin lỗi Thầy và Ban huấn luyện cùng đồng đội U23 Việt Nam vì đã không thể tiếp tục đồng hành sát cánh chiến đấu. Xin lỗi tất cả Cổ động viên, người hâm mộ vì buộc phải dừng lại và không còn có thể cống hiến cho mọi người. Xin lỗi… Xin lỗi chính bản thân mình vì giấc mơ dang dở… Tạm biệt SEA Games.. Tạm biệt 1 giấc mơ còn chưa kịp gọi tên…!”.
Trước đó 2 năm, tiền vệ đánh chặn người xứ Nghệ bị tái phát chấn thương dây chằng đầu gối trong chuyến tập huấn Hungary của đội U23, không kịp hồi phục để tham dự SEA Games 27. Hoàng Thịnh dính chấn thương cuối lượt đi V.League 2013, nghỉ dài hạn tại giai đoạn lượt về. Phải tới những vòng đấu cuối cùng của mùa giải, anh mới có thể trở lại sân cỏ. Ngay trong buổi tập đầu tiên trên đất Hungary, Hoàng Thịnh đã tái phát chấn thương dây chằng đầu gối.
Trong đợt tập trung đội tuyển tháng 9/2019, tiền vệ sinh năm 1992 cũng bị trả về vì viêm giác mạc. Sau khi nói chuyện với thầy Park và các bác sỹ, Hoàng Thịnh được trả về CLB TP Hồ Chí Minh. Lý do là bởi quá trình tập luyện với cường độ cao có thể khiến Hoàng Thịnh ra nhiều mồ hôi, làm trầm trọng thêm vết thương.
