14 đội bóng sẽ được chia làm hai bảng để đấu vòng tròn 2 lượt tính điểm.
Bảng A gồm có Kon Tum, Lâm Đồng, trẻ SHB Đà Nẵng, trẻ Quảng Nam, Hải Nam Vĩnh Phúc, Hòa Bình FC, PVF.
Bảng B gồm Bình Thuận, Đồng Nai, Gia Định, trẻ TP.HCM, Đồng Tháp, Tiền Giang, Vĩnh Long.
Đội bóng mới thành lập Hòa Bình FC nằm ở bảng ASau khi kết thúc vòng bảng, hai đội đứng đầu mỗi bảng sẽ vào thi đấu vòng chung kết của giải diễn ra vào ngày 12/8 với hình thức nhất bảng này đá với nhì bảng kia.
Hai đội giành chiến thắng trong hai cặp đấu của vòng chung kết được xếp đồng hạng Nhất. Hai đội này cũng sẽ giành quyền thăng hạng lên thi đấu ở giải hạng Nhất quốc gia 2022.
Ông Lê Hoài Anh tổng thư ký VFF, cho biết giải hạng Nhì quốc gia 2021 có 2 suất thăng hạng lên hạng Nhất 2022 nhằm kiện toàn số đội thi đấu của hệ thống giải bóng đá quốc gia Việt Nam.
PVF, đội đang gây ồn ào với đề xuất đổi tên, nằm ở bảng BDo hai đội giành chiến thắng trong hai trận vòng chung kết đã giành suất thăng hạng lên hạng Nhất 2022, không nhất thiết phải tổ chức thêm một trận đấu giữa hai đội này để tìm ra một nhà vô địch. Ban tổ chức sẽ trao hai giải đồng hạng Nhất, mỗi đội được thưởng 150 triệu đồng.
